Основные отличия, введенные Мадридским протоколом в систему международных регистраций:

Международная заявка может основываться как на базовой заявке, так и на базовой регистрации;

Международная заявка может быть подготовлена не только на французском, но и на английском или испанском языках;

Срок рассмотрения международной регистрации в каждой указанной заявителем стране может составлять 18 месяцам и более (вместо 12 месяцев по Мадридскому соглашению);

Ведомство любой страны-участницы вправе устанавливать индивидуальный размер пошлин, превышающий «стандартные»пошлины по Мадридскому соглашению;

 Международная регистрация, которая аннулируется по требованию ведомства страны происхождения в течение пяти лет с даты международной регистрации, может быть преобразована в национальную (региональную) заявку в соответствующих странах-участницах, в которых действовала международная регистрация.

Кроме того, Мадридский протокол дает возможность установления связи с региональными системами регистрации товарных знаков.