Международная заявка подается в ведомство страны происхождения, после чего она направляется данным ведомством в Международное бюро.

В случае если заявка удовлетворяет требованиям, предъявляемым к международной заявке (в том числе в отношении оплаты установленной международной пошлины), Международное бюро осуществляет внесение знака в Международный реестр, т.е. осуществляет международную регистрацию знака, публикует информацию о международной регистрации в официальном бюллетене и направляет владельцу сертификат о международной регистрации.

Кроме того, Международное бюро уведомляет каждую указанную в международной заявке страну путем направления соответствующего уведомления о международной регистрации в патентные ведомства этих стран.

Каждое ведомство может вынести решение об отказе в предоставлении охраны в сроки, предусмотренные Мадридским соглашением и Мадридским протоколом.

Обычно такой срок составляет один год, однако в рамках Мадридского протокола каждая из стран-участниц имеет право увеличить его до полутора лет или более в случае отказа в регистрации на основе протеста третьих лиц.